外泌體──一種由活細胞主動釋放的細胞膜內陷形成且特異性包裹了多種RNA和蛋白質的囊泡，直徑約為30-150nm。外泌體特異性攜帶的多種分子是其參與細胞間通訊、生理活動的物質基礎，這也引起了研究者對揭示其功能的極大興趣。同時不同來源外泌體還反映了疾病的信息，非常適合作為Biomarker，研究發現幾乎所有細胞類型均可分泌外泌體，且外泌體天然存在于體液中，包括血液、唾液、尿液、腦脊液和乳汁，這也使得研究者加強了在外泌體中開發診斷和預后相關Biomarker的努力。
上海生物芯片有限公司為您外泌體Biomarker研究提供了一站式解決方案，包括從樣本中進行外泌體分離，鑒定顆粒粒徑及濃度，針對外泌體優化的基因芯片及二代測序進行高通量篩選，機器學習算法幫助Biomarker發現，數字PCR精確驗證。
方案設計
外泌體鑒定-納米顆粒跟蹤分析（NTA）介紹
目前主要的外泌體分離方法是依據外泌體直徑、結構等特點進行富集，或對特定膜蛋白進行捕獲，產物中不可避免包含一些其他類型的囊泡，需要對外泌體進行鑒定，以保證其濃度和純度。2014年國際細胞外囊泡學會（ISEV）提出，外泌體鑒定分為三個層面：電鏡鑒定形態學特征、NTA鑒定粒徑和濃度、蛋白標志物。
Zetaview（Particle Metrix）可快速、穩定地進行外泌體粒徑、濃度和純度鑒定。其方法原理即納米顆粒跟蹤分析 (Nanoparticle Tracking Analysis，NTA），單一顆粒跟蹤技術并結合經典微電泳技術（zeta電位）和布朗運動，利用Stock- es-Einstein方程式計算出納米顆粒的流體力學直徑和濃度。NTA技術能夠簡單、快速，不破壞外泌體原始狀態，并且再搭配相應濾光片，可以測量熒光抗體（如CD9, CD63, CD81等）標記的外泌體來測定外泌體純度。
外泌體RNA高通量篩選
不同類型細胞或細胞在不同生理、疾病狀態下，所分泌的外泌體包含的RNA分子不同，這些RNA分子以外泌體為載體進入靶細胞后，會通過不同的機制對靶細胞產生影響。
SBC根據多年高通量實驗服務經驗，經過多次實驗優化開發了適合外泌體RNA（mRNA、lncRNA、circRNA及miRNA等）分析的基因芯片及二代測序服務，全面提升了外泌體研究的廣度與深度。SBC提供的高通量篩選工具如下：
機器學習篩選Biomarker
基于外泌體基因數據集（mRNA, lncRNA, circRNA可單獨或者集合使用），采用機器學習算法的訓練和測試，并評估性能，以此來篩選診斷或預后的基因marker。
外泌體驗證利器—微滴式數字PCR（ddPCR）
基于泊松分布原理建立的一種核酸分子絕對定量技術。通過微滴發生器形成上萬個微滴，其中每個微滴或不含或含有一個至數個核酸靶標分子。每個單分子進行PCR擴增，探針用于檢測特定序列的靶標。隨后逐個對每個微滴檢測有無熒光信號，最終根據陽性微滴的比例，按照泊松分布的原理，通過軟件計算出待檢靶分子的拷貝數。
儀器
微滴式數字PCR - BIORAD QX200，可對DNA或RNA分子進行絕對定量分析，適用于 EvaGreen 或探針的數字PCR。
主要特點
* 便捷的測定設計，不需要標準曲線
* 可通過增加PCR反應的數量提高精確度
* 可高度耐受PCR反應抑制劑
* 可精確鑒定目標拷貝數，分析微小差異
* 簡便而易用的工作流程，一次可以檢測 96 個樣品
* 靈活的數字 PCR 化學方法，已針對 TaqMan 水解探針和 EvaGreen 測定進行優化
