2021 SBC 單細胞多組學技術與前沿應用分論壇成功舉辦

7月29日-30日，“2021‘芯’醫學高峰論壇-單細胞多組學技術與前沿應用分論壇”暨“SBC單細胞及空間轉錄組測序策略研究與生信分析培訓班”在上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）成功舉辦，論壇由上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）主辦，上海市生物醫藥行業協會、上海市生物化學與分子生物學學會協辦，來自全國各地近百位師生參加了本次會議。會議特邀專家圍繞單細胞組學技術的前沿進展，在科學研究和臨床醫學方向的最新應用，樣品制備和數據分析重難點與參會者進行了熱烈的交流與討論。

會議伊始，由上海生物芯片有限公司常務副總經理，生物芯片上海國家工程研究中心專職副主任韓峻松博士主持并致歡迎詞。韓總表示很榮幸在公司（中心）成立二十周年舉辦“2021’芯’醫學高峰論壇”之際，特設“單細胞多組學技術與前沿應用分論壇”，邀請到行業內重點高校及知名醫院的專家來到現場進行分享和交流。同時向參會嘉賓及學員介紹SBC的發展歷程和技術平臺情況，并表示公司（中心）始終關注行業前沿生物技術發展，搭建先進技術平臺開展科研項目的同時，肩負著國家工程研究中心的使命和擔當，充分發揮技術交流合作的平臺作用。衷心希望與生物醫藥領域的科研工作者們緊密合作，提高學術研究水平，實現科研成果轉化，助力國家科技發展。

上海生物芯片有限公司常務副總經理，生物芯片上海國家工程中心專職副主任韓峻松博士

在接下來的報告環節，報告嘉賓分享了各自的研究思路和最新的研究進展。

復旦大學附屬兒科醫院副主任醫師，副研究員董瑞博士帶來了題為“單細胞測序與兒童疾病”的精彩報告。神經母細胞瘤是兒童中常見的癌癥，因其治療難度大，被稱為“兒童癌王”。利用單細胞測序技術解析兒童神經母細胞瘤的單細胞圖譜，加深對神經母細胞瘤的理解，為深入了解神經母細胞瘤的發病機制提供新的視角，為未來臨床治療的方案打開新的思路。

復旦大學附屬兒科醫院副主任醫師，副研究員董瑞博士

中科院高級工程師繆祥博士以“流式細胞分選與單細胞測序”為題，結合多年從事流式細胞技術平臺工作的經驗，為大家帶來了生動的報告。測序結果的好壞關鍵在于樣本處理，樣本處理不好很難得到漂亮的數據，繆祥博士從多角度透徹地解析流式細胞分選與單細胞測序技術在樣本處理實驗操作過程中所遇到的問題及解決辦法，引發現場學者的共鳴，反響熱烈。

中科院高級工程師繆祥醫學博士

上海交通大學副研究員鄒欣博士帶來題為“scKinetics：基于單個細胞動態建模新算法的隱藏信息挖掘”的精彩報告。報告從數據分析的角度對單細胞技術進行全方位的解析和經驗分享，從信息挖掘維度為解決單細胞組學應用難題提供又一思路。

上海交通大學副研究員鄒欣博士

中國科學院分子細胞科學卓越創新中心陳洛南研究員課題組左春滿博士題為“Single-cell RNA-Sequencing Atlas Reveals an MDK-Dependent Immunosuppressive Environment in ErbB Pathway-Mutated Gallbladder Cancer”的報告，采用單細胞測序技術來揭示膽囊癌患者的轉錄組異質性和細胞間串擾。提出通過單細胞組學技術，有助于膽囊癌研究進展。

中國科學院分子細胞科學卓越創新中心陳洛南研究員課題組左春滿博士后

中國科學院大學重慶學院助理研究員李海玉博士報告題為“基于單細胞測序探討AIDS免疫重建不良發生機制”，揭示了單細胞測序技術在AIDS免疫重建不良發生機制中所起到的關鍵作用。

中國科學院大學重慶學院助理研究員李海玉博士

報告結束后，由SBC具有十余年經驗的技術服務團隊講解單細胞測序和空間轉錄組測序技術原理、前沿應用和數據分析方法等。

上海生物芯片有限公司服務平臺部總監張曉娜

空間轉錄組測序及研究運用

主要圍繞著什么是空間轉錄組學、特點及優勢、實驗流程、主要運用方向以及對生命科學研究帶來的深遠影響展開講述。以空間轉錄組測序技術在國際一流期刊發表的高分文章為例，介紹其在腫瘤研究等重點領域的應用，并對可視化結果進行詳細分析，對比不同實驗設計和技術方案的優劣，講解其在腫瘤研究等重點問題中的應用方式、注意事項和研究思路。最后介紹SBC推出的單細胞和空間轉錄組研究“一站式解決方案”，旨在為客戶提供專業、便捷、全面的服務。

SBC服務平臺部產品經理蔣敏

單細胞轉錄組數據分析

介紹單細胞轉錄組測序的實驗過程及原理，并對比不同測序方案的優缺點；然后以10x Genomic平臺為例，詳細講解單細胞轉錄組數據分析的方法、流程和主要操作軟件，包括單細胞表達定量軟件Cell Ranger和可視化自定義軟件Loupe Browser；如何通過Cell Ranger軟件實現從堿基識別、定量表達矩陣的聚類、可視化和差異分析、數據處理到最終結果可視化分析；以及Loupe Browser在尋找顯著基因、探索細胞亞型方面的應用，最后結合軟件的實操，讓大家動手學習并探索更多的功能。

SBC服務平臺部資深生信分析工程師曹群發

空間轉錄組測序的基本原理和數據分析介紹

對空間轉錄組的數據分析方法，從數據的預處理到可視化圖形與基因表達相結合，到最終的空間基因表達分析進行了詳細介紹。主要涉及到Scanpy軟件包在數據處理中的應用、Space Ranger和Seurat的應用。實操Space Ranger在圖像處理算法、輸出結果的解讀、以及最終表達值計算的方法。Seurat則主要講解分析空間轉錄組數據、與單細胞數據結合，到最終實現多個切片數據分析。以及利用SingleR、CellAssign等方法進行單細胞注釋，單細胞注釋數據庫的整理和方法的比較等細節處理。通過現場演示，分析如何通過Space Ranger、圖形處理、Seurat 空間轉錄組的數據的分析，實現最終的空間與單細胞數據關聯分析多個樣本比較分析。